asftool은 한동안 업데이트가 안 되어서인지 최신 wmv파일은 제대로 다루질 못하더군요.
asfbin을 이용해서 wmv파일을 재저장 해주면 문제가 해결될 겁니다.

http://www.videohelp.com/tools/AsfBin 

다른 포맷으로 변환하려 할 때 '바닥' 등의 프로그램으로 변환을 하면 오디오와 비디오가 어긋나는 경우가 흔합니다. TMPGEnc과 VirtualDub을 이용해 변환을 하면 오디오가 어긋나는 문제없이 변환이 가능할 겁니다.

asfbin1.7.1.756.zip

준비물:TMPGEnc, VirtualdubMOD, VFAPI_Reader

http://www.videohelp.com/tools/TMPGEnc
http://www.videohelp.com/tools/VirtualdubMOD
http://www.videohelp.com/tools/VFAPI_Reader

1. TMPGEnc에서 wmv를 불러와서 'save project' (.tpr로 저장, 1-2초 소요)
2. VFAPI Reader에서 .tpr파일을 가상 avi파일로 convert한다 (3-6초 소요)
3. VirtualDub에서 가상 avi파일을 불러와 실질적인 avi로 인코딩한다